| |
Предлагается математическая модель поиска активных центров, участвующих во взаимодействии с малыми молекулами, на основании статического метода с введением в расчет энергетических, структурных и зарядовых характеристик. Результатом подобного моделирования является составление молекулярных диаграмм активных центров поверхности, подверженной воздействию токсиканта.
При формулировке математической модели приняты следующие допущения: 1) сложная геометрия клеточной мембраны представлена в виде отдельных структурных компонентов – белковая, углеводная, липидная/фосфолипидная; 2) в качестве молекулярной модели белковой системы используется n-пептид, состоящий из последовательности аминокислотных остатков и записанный в виде z-матрицы во внутренних координатах (или набора декартовых координат); 3) межмолекулярное взаимодействие осуществляется за счет формирования многочастичных водородных связей по типу бимолекулярной реакции.
Результаты математического моделирования могут быть представлены в виде графических схем конкретного участка белковой системы, подверженной воздействию токсиканта (молекулярная диаграмма активных центров поверхности). Для составления диаграммы выбраны рассчитанные показатели – длина связи, заряд (под атомом) и величина π-электронной плотности (вынесена стрелочкой).
Разработанная математическая модель поиска активных центров белковых систем, позволяет локализовать участок, подверженный воздействию со стороны молекулы токсиканта. На основании полученных результатов может быть сформирован банк данных о распространенности, токсичности таких малых молекул, как SO2, H2S, NO2, NH3, CO и их ионизированных форм, о конкретных функциональных группах белковой системы, подверженной наибольшему воздействию.
Ключевые слова:математическая модель, токсиканты, структурные компоненты, центры белковых систем, ионизированные формы.
|
ПРАВОВАЯ
ИНФОРМАЦИЯ:
